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@@ -1 +1,3 @@ .obsidian/ +venv/ +.ipynb_checkpoints/ diff --git a/BINF/BINF2026_Cours3.pdf b/BINF/BINF2026_Cours3.pdf Binary files differnew file mode 100644 index 0000000..f94bcbe --- /dev/null +++ b/BINF/BINF2026_Cours3.pdf diff --git a/BINF/Cours 3.md b/BINF/Cours 3.md new file mode 100644 index 0000000..d2a61f4 --- /dev/null +++ b/BINF/Cours 3.md @@ -0,0 +1,16 @@ +# Réplication d'ADN +Complexe protéique : **ADN polymérase** + +Réplication entière du génome qui démarre à une ou plusieurs origines de réplication + +Se propage de façon bidirectionnelle sur les 2 brins en parallèle + +Oeil de réplication déroulé par les 2 hélicases qui déroule le double brin d'ADN +$ADN_{pol}$ -> 3' => 5' ne peut se fixer que sur une région d'ADN double brin == très chiant / gros relou + +ADN primase synthétise des batch de 10-20 nucléotides pour la réplication sur les amorces ARN (10-20) + +brin meneur 3' -> 5' +brin retardé 5' -> 3', laisse des fragments d'Okazaki (100-200 paires de bases) +amorces retirées par la RNAse H puis $ADN_{pol}$ vient se fixer sur les extrémités des fragments +Attaches fragments-réplications tiennent qu'avec des liaisons H, consolidation des squelettes sucre-phosphate avec ligase
\ No newline at end of file diff --git a/BINF/cours1.md b/BINF/cours1.md index c0cb1fb..76234da 100644 --- a/BINF/cours1.md +++ b/BINF/cours1.md @@ -56,4 +56,45 @@ Polaire = tendance de O à beaucoup attirer les $e^-$ des H #### Bases azotées **Pyrimidines** : 1 cycle -> Thymine et Cytosine -**Purines** : 2 cycles -> Adénine et Guanine
\ No newline at end of file +**Purines** : 2 cycles -> Adénine et Guanine + +Taille du génome mesurée en Méga base (azotée) + +Ratio GC = $G+C / \verb|taille du génome|$ + +## ARN +- Acide Ribonucléique +- Nucléotides : A Uracile G C +- Complémentarité : A <-> U & G <-> C +- Forme libre qui dépend des bases présentes => Appariement des nucléotides complémentaires sur un même brin +- L'ARN contrôle la forme qu'il prend pour leur fonction : + - Messager : ADN -> ARNm -> Protéine + - Transfert : ARNt, Implémente le code génétique + - Ribosomique : ARNr, Intégré dans le ribosome +### Transcription +ADN -> ARN +Réalisée par le complexe protéique (ARN polymérase, plusieurs protéines) qui se fixe sur l'ADN et le copie dans le sens $3' \rightarrow 5'$ sur un brin ou l'autre +Copie créée = brin complémentaire inverse ($5' \rightarrow 3'$) en ARN + +#### A retenir +- Lecture 3' -> 5' +- ARN produit 5' -> 3' + +## Protéines +- Polymère (chaînes) d'acides aminés (AA) +- 20 AA possibles, différence au niveau de R (chaîne latérale / sidechain) +- Variété de props d'AA influe sur les props physico-chimiques de la protéine et donc de sa fonction dans la cellule + - Dimensions + - Hydrophile ou hydrophobe + - Polarité + - Charge +- Liaison entre 2 AA libère un H2O = condensation +- Polymérisation de C vers N et chaîne de N vers C +#### Structures des protéines +- 1aire -> Séquence des AA +- 2daire -> Repliement local de la chaîne d'AA, lié aux sidechains + - Hélice $\alpha$ (style slinky) + - Feuillet $\beta$ (style accordéon papier d'arménie) + - Non-structuré (style tshirt Reda) +- 3aire -> Repliement global = forme +- 4ernaire -> Association avec d'autres protéines
\ No newline at end of file diff --git a/BINF/cours2.md b/BINF/cours2.md new file mode 100644 index 0000000..624b294 --- /dev/null +++ b/BINF/cours2.md @@ -0,0 +1,59 @@ +# Expression génétique et génomique + +# Traduction +ARNm -> Protétine +**Ribosome** : Complexe ribonucléoprotéique = $ARN_R$ + protéines +$ARN_R$ réalise la réaction qui relie 2 AA +$ARN_m$ = 3 nuc par 3 nuc = codons +Or $4^3 = 64$ donc plusieurs codons codent le même AA + +## Cadre de lecture ouvert +Signaux de début et fin de traduction : +Protéine commence généralement par START AUG (Méthionine) +Codons STOP UAG UAA UGA +Séquences entre START et STOP + +1. Toutes les ORF ne correspondent pas à des gènes exprimés +2. L'interprétation codon par codon de l'ADN n'a de sens que dans une ORF + +## Implémentation du code génétique +3 nucs -> 1 AA +**Grâce à l'$ARN_t$** $\approx$ Anti-codon +- 21 $ARN_t$ (20 AA + 1 spécial pour la terminaison) +- Reconnaissance de tous les codons + +1. Appariements non-canoniques entre G et U +2. Présence dans l'anti-codon d'un nucléotide modifié : + - Inosine (I <-> A, I <-> U, I <-> C) + - ex : Anti-codon IGC -> + - ACG + AUG + - UCG + UUG + - CCG + CUG + +## Ribosome +Complexe ribonucléoprotéique +1. Grande sous-unité -> polymérisation +2. petite sous-unité -> fixation sur l'ARN et déplacement 5' -> 3' + +Ribosome fonctionnel -> assemblage de la petite et grande sous-unité sur de l'ARN + +Le ribosome va arriver à se fixer sur le codon start de l'ARN + +# Expression génétique eucaryote +Procaryote -> pas de noyau (ADN flottant dans le milieu de la cellule) +Eucaryote -> noyau pour protéger l'ADN + +Présence de pore nucléaires dans la membrane nucléaire qui contrôlent l'IO + +Transcription dans le noyau **mais** traduction dans le cytoplasme (ribosomes dans le cyto) +L'$ARN_m$ mature peut sortir du noyau + +## Maturation de l'$ARN_m$ +1. Chapeau -> coiffe 5' du noyau : Ajout d'un nucléotide (7-méthylguanosine) +2. Queue PolyAdénine 3' = AAAAAAAAAAA (possible > 100 A) +3. Epissage (splicing) : Chez eucaryotes séquence transcrite $\neq$ séquence traduite (chez procaryotes ok) + 2 types de sous-séquences, exons et introns ("$\verb|GU.*A.*AG|$"), on enlève les introns (et possiblement des exons) + Epissage alternatif : différentes cellules peuvent épisser différentes combinaisons d'introns et d'exons (différentes protéines à partir des mêmes gènes) + +Traduction uniquement si coiffe et queue +Export de l'$ARN_m$ mature dans le cytoplasme
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